在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。
数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
下野纮 伊藤加奈惠 早见沙织 阿澄佳奈 丰崎爱生 小清水亚美 竹达彩奈 牧口真幸 田中敦子 柚木凉香 中尾隆圣 松本和香子 仪武祐子 酒卷光宏 小林优 丹下樱 羽多野涉 关智一 稻田彻 太田真一郎 矢部雅史 宫崎宽务 近村望实 寺谷美香 佐佐木启夫