面积占东京都西部1/3、人口超过230万、八成以上由学生组成的学园都市，尖端科技发展迅速，超能力开发已经深入到城市的各个角落。超能力水平高达Level 5的御坂美琴（佐藤利奈 配音）如往常一样和初春饰利（丰崎爱生 配音）、白井黑子（新井里美 配音）等好友过着平凡的日子，间或热血爆发挫败各种扰乱城市的阴谋。某天，在调查一起现今卡事件时她邂逅了长点上机学园的布束砥信（叶山郁美 配音），从而得知用美琴的DNA大批量复制超能力者的“量产型能力者计划”。不安定的气氛在都市角落肆意蔓延……
本片为镰池和马（原作）、冬川基（作画）的原作《魔法禁书目录》的外传漫画第二季TV动画。
宫原永海 宍户留美 鳕子 五代高之 诗乃优花 高木涉 庄真由美 楠见尚己 长岛雄一 木内玲子 上别府仁资 佐藤正治 野岛健儿 兴梠里美 永野爱 金丸淳一 西川几雄 能登麻美子 泷知史 葛城七穗 矶边万沙子 樋渡宏嗣 羽多野涉 小原雅一 皆口裕子 京田尚子 筈见纯 池田知聪 永野善一 福松进纱 三浦博和 园部启一 浅野真澄 松本美和 小岛一成 菊池心 丸山咏二 津村真琴 天田真人 沼田祐介 浅田叶子 埴冈由纪子 酒井敬幸 宫泽正 西野阳子 三轮学 西村千奈美 筱原惠美 真山亚子 山像香 竹内顺子 伊丸冈笃