舞台是象征理性的「青之世界」，然而正在遭受由本能支配的「红之世界」的生命体NightflyO’Note的袭击与侵略。17岁的主人公麻黄Akira就职为青之世界研究员，随后因为能力出众而被提拔为最前线的战斗指挥官，受命负责横跨石垣岛和西表岛而构成的对位相外防卫机关，通称「琉球LAG」。在那里她遇见了在第五战斗单元经过激战而全军覆灭之后，于四年前成立的第六战斗单元「IS」的学生们。主人公作为教官，率领着又称「Scared Rider Xechs」的6名骑手（Rider），共同浴血奋战，应对来自异世界的攻击和威胁。在这样的生活中，他们的友情也在逐渐加深。
绿川光 关俊彦 矢岛晶子 子安武人 中原茂 折笠爱 石野龙三 佐久间玲 稻叶实 冬马由美 横山智佐 依田英助 纱由里 铃木泰明 铃木沙织 中田和宏 中村大树 千叶一伸 森川智之 中村秀利 宫村优子 藤本让 田口昂 大泷进矢 中岛聪彦 梅津秀行 大塚明夫